Voici quelques requêtes pour vérifier que des lignes les jointures entre tag soit toujours vrai.

SELECT tagged.* FROM tagged LEFT JOIN tag ON tagged.item_id=tag.id WHERE tag.id IS NULL
SELECT tagged.* FROM tagged LEFT JOIN tag ON tagged.tag_id=tag.id WHERE tag.id IS NULL
SELECT a.* FROM tag a LEFT JOIN tag b ON a.type=b.id WHERE a.id <> 1 and a.id <> 2 and b.id IS NULL